50年代初期，在學(xué)校黨的總支委員會(huì)和黨的委員會(huì)中，設(shè)有負(fù)責(zé)紀(jì)律檢查的委員，而未設(shè)專(zhuān)職機(jī)構(gòu)。

1956年6月，學(xué)校召開(kāi)第一次黨代會(huì)，根據(jù)上級(jí)規(guī)定，選舉產(chǎn)生了黨的監(jiān)察委員會(huì)。隨后在1959年3月及1962年10月的兩次黨代會(huì)上，均按黨章規(guī)定改選了黨的監(jiān)察委員會(huì)，并于1962年10月成立監(jiān)委辦公室。

“文革”期間，工宣隊(duì)進(jìn)校后，于1970年1月選出學(xué)校黨委會(huì)，由于黨的九大（1969年）、十大（1973年）所通過(guò)的黨章中，都沒(méi)有設(shè)立黨的監(jiān)察委員會(huì)的規(guī)定，因而在這期間，學(xué)校黨委沒(méi)有設(shè)立監(jiān)察機(jī)構(gòu)。

根據(jù)黨的十一大（1977年8月）通過(guò)的黨章中關(guān)于設(shè)立黨的紀(jì)律檢查委員會(huì)的規(guī)定，1979年2月，學(xué)校黨委常委決定設(shè)立黨委紀(jì)律檢查小組，并設(shè)立了黨委紀(jì)律檢查小組辦公室。

1980年5月，在學(xué)校第五次黨代會(huì)上，選舉產(chǎn)生了黨的紀(jì)律檢查委員會(huì)，并成立紀(jì)委辦公室。隨后，在1982年7月、1985年8月、1988年9月及1991年9月等各次黨代會(huì)上，均選舉產(chǎn)生了黨的紀(jì)律檢查委員會(huì)。

1988年10月，學(xué)校行政上設(shè)立了監(jiān)察工作委員會(huì)。1993年1月，根據(jù)黨的十四大精神和中共中央紀(jì)律檢查委員會(huì)、國(guó)家監(jiān)察部的有關(guān)規(guī)定，經(jīng)學(xué)校黨委和行政領(lǐng)導(dǎo)討論決定，黨的紀(jì)律檢查委員會(huì)和監(jiān)察工作委員會(huì)的辦事機(jī)構(gòu)合署辦公，成立了紀(jì)檢監(jiān)察辦公室。

1995年9月、2002年1月、2006年9月分別召開(kāi)中國(guó)共產(chǎn)黨清華大學(xué)第十次、第十一次、第十二次代表大會(huì)，均選舉產(chǎn)生了黨的紀(jì)律檢查委員會(huì)。

2003年8月，經(jīng)校務(wù)會(huì)議討論通過(guò)，成立紀(jì)監(jiān)委辦公室（正處級(jí)機(jī)構(gòu)）。

2005年3月17日，為進(jìn)一步規(guī)范中國(guó)共產(chǎn)黨清華大學(xué)紀(jì)律檢查委員會(huì)的辦事機(jī)構(gòu)，根據(jù)教育部黨組《教育部直屬高等學(xué)校黨的紀(jì)律檢查工作暫行規(guī)定》（教黨〔2004〕49號(hào)）的有關(guān)精神，經(jīng)校黨委常委會(huì)討論通過(guò)，將清華大學(xué)紀(jì)監(jiān)委辦公室更名為紀(jì)委辦公室。

2005年4月，為進(jìn)一步嚴(yán)格依法監(jiān)督工作，有效保證學(xué)校行政工作任務(wù)的落實(shí)，經(jīng)2004～2005學(xué)年度第11次校務(wù)會(huì)議討論通過(guò)，決定成立清華大學(xué)監(jiān)察室。清華大學(xué)監(jiān)察室成立后，與清華大學(xué)紀(jì)委辦公室合署辦公。本屆清華大學(xué)監(jiān)察工作委員會(huì)屆滿(mǎn)后，不再設(shè)立監(jiān)察工作委員會(huì)。

2007年6月，經(jīng)2006～2007學(xué)年度第27次校務(wù)會(huì)議討論通過(guò)，決定繼續(xù)設(shè)立監(jiān)察工作委員會(huì)，監(jiān)察工作委員會(huì)換屆。

2019年9月，經(jīng)第十四屆黨委第八十六次常委會(huì)審議通過(guò)，決定不再設(shè)立監(jiān)察工作委員會(huì)。

2019年12月，經(jīng)第十四屆黨委第九十八次常委會(huì)會(huì)議審議通過(guò)，中國(guó)共產(chǎn)黨清華大學(xué)紀(jì)律檢查委員會(huì)內(nèi)設(shè)紀(jì)委辦公室、紀(jì)委監(jiān)督檢查室、紀(jì)委案件監(jiān)督管理室、紀(jì)委案件審理室4個(gè)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)。

2022年12月，經(jīng)第十五屆黨委第十二次常委會(huì)會(huì)議審議通過(guò)，學(xué)校設(shè)立監(jiān)察專(zhuān)員辦公室，與學(xué)校紀(jì)委合署辦公，統(tǒng)稱(chēng)為“清華大學(xué)紀(jì)檢監(jiān)察機(jī)構(gòu)”。撤銷(xiāo)紀(jì)委辦公室、監(jiān)察室建制。紀(jì)檢監(jiān)察機(jī)構(gòu)下設(shè)辦公室、第一紀(jì)檢監(jiān)察室、第二紀(jì)檢監(jiān)察室、第三紀(jì)檢監(jiān)察室和綜合業(yè)務(wù)室。